11.11.1941 tarihinde Bandırma’da doğmuş; 1961 yılında Galatasaray Lisesi’nden mezun olmuştur. İstanbul Hukuk Fakültesi’ni 1965’te tamamlamış ve 1966 tarihinde bu Fakültenin Ceza ve Ceza Muhakemesi Hukuku Kürsüsü Asistanlığı’na girmiştir. İstanbul Hukuk Fakültesi’nde 1971 yılında “Hekimin Tedavi Nedeniyle Cezai Sorumluluğu” konulu çalışmasıyla doktor asistan ünvanını almış, 1975’de “Suç İşlemeye Tahrik Cürmü” başlıklı kitabı ile doçent olmuştur. “Siyasal Suç” konulu Profesörlük Takdim Tezi ile 1982’de Profesör’lüğe yükseltilmiştir. 1999 yılında İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi’nden ayrılmış ve Galatasaray Üniversitesi Hukuk Fakültesi Ceza Hukuku ve Ceza Usul Hukuku Anabilim Dalı Öğretim Üyeliği’ne geçmiştir. 2 Şubat 2006 tarihi itibariyle aynı Fakülteye Dekan olarak atanmış, 2008 yılı başlarında Dekanlık görevinden ayrılmıştır. Aynı yıl Galatasaray Üniversitesi Hukuk Fakültesi öğretim üyeliğinden emekliliği dolayısıyla ayrılmış, daha sonra Yeditepe Üniversitesi Hukuk Fakültesinde aynı bilim dalında öğretim üyeliğine geçmiştir. Bu Fakültede 2017 yılı sonuna kadar lisans ve yüksek lisans öğretiminde Ceza Hukuku dersleri vermiş ve burada bir Ceza Hukuku kitaplığı kurmuştur. 2004 - 2019 yılları arasında Güncel Hukuk Dergisi’nin yayınlanmasında çalıştığı gibi her ay burada makaleleri yayınlanmıştır. Türk Ceza Hukuku Derneği’nin kurulması ve gelişmesinde önemli çalışmalarda bulunan Prof. Dr. Bayraktar, bu derneğin Genel Sekreterlik ve Başkanlık gibi görevlerini yürütmüştür. Uluslararası Ceza Hukuku Derneği'nin Bilim Kurulu'nda yer almış, akademik hayatında birçok kitap ve bilimsel çalışmanın yazarı olmuştur. Evli ve iki çocuk babasıdır. Netkent Akdeniz Araştırma ve Bilim Üniversitesi Mütevelli Heyetinin 8 Haziran 2020 tarihli kararı ile Hukuk Fakültesi Ömür Boyu Onursal Dekanı olarak seçilen Prof. Dr. Köksal Bayraktar, halen Bayraktar Hukuk Bürosu’nda avukatlığını devam ettirmekte, Galatasaray Eğitim Vakfı Başkan Yardımcılığı görevini yürütmekte ve Ceza Kanunu ile ilgili kitap ve makale yazarlığı gibi bilimsel faaliyetlerini sürdürmektedir.